Emaús San Juan es una asociación de desarrollo comunitario situada en San Juan de Comalapa, en el departamento de Chimaltenango, en el sur de Guatemala. El grupo se creó en 1998 de una colaboración con H.O.M.E, grupo Emaús del Estado de Maine (Estados Unidos).
Situado en un barrio donde la población vive en un contexto de gran pobreza, Emaús San Juan acompaña a la población en la defensa de sus derechos fundamentales para convertirse en protagonista de su propio cambio. El grupo practica actividades de microcrédito, recogida, reciclaje y venta de objetos de ocasión en su bazar. Se ha especializado en la agricultura sostenible y el acceso a la atención sanitaria, revalorizando la medicina alternativa y ancestral a base de plantas. En una clínica, Emaús San Juan dispensa gratuitamente curas homeopáticas a personas sin recursos. El grupo produce todas las medicinas que vende a partir de plantas medicinales.
Emaús San Juan toma parte en las luchas a favor de la justicia social y ambiental, y de la economía ética y solidaria llevadas a cabo por Emaús Internacional.