La gobernanza del movimiento es tarea de sus cargos electos, quienes desempeñan funciones a nivel internacional (Consejo de Administración, Comité Ejecutivo) o regional (África, América, Asia, Europa). La composición de cada órgano garantiza una buena representatividad de cada región. 

Consejo de Administración     

El Consejo de Administración reúne una o dos veces al año al presidente y a los 24 Consejeros y Consejeras de Emaús Internacional, representantes de las cuatro regiones (cuatro para África, Asia y América, y doce para Europa). El CA implementa las orientaciones estratégicas adoptadas en la Asamblea Mundial, coordina y anima la reflexión sobre las misiones del movimiento (acción política, solidaridad, comunicación, formación, memoria del Abbé Pierre y de Emaús Internacional) y sus medios.

Ver la lista de los miembros del Consejo de Administración

Comité Ejecutivo 

Además del presidente, el Comité Ejecutivo (órgano directivo) se compone de cinco a siete Consejeros y Consejeras de Emaús Internacional elegidos entre los miembros del Consejo de Administración. Se reúne de forma presencial aproximadamente cada dos meses y gestiona los asuntos corrientes de Emaús Internacional por mandato del Consejo de Administración. Además de estos espacios, también se organizan reuniones por videoconferencia cuando la actualidad del movimiento lo requiere. 

Consejos Regionales 

Cada región Emaús (América, África, Asia y Europa) tiene su propio consejo de administración, llamado Consejo Regional. Se compone de cargos electos de la región para el Consejo de Administración de Emaús Internacional, así como de Delegados y Delegadas Nacionales. Tiene las mismas competencias que el Consejo de Administración, pero a nivel regional. 

Juntas Regionales 

En cada región de Emaús (América, África, Asia y Europa), la junta se compone de entre cuatro a seis delegados. Tiene las mismas competencias que el Comité Ejecutivo, pero a nivel regional.