La entrada en la Resistencia (1942-1945) 

Al descubrir los horrores de la persecución de judíos y patriotas, Henri Grouès entra en la Resistencia en julio de 1942. Adopta varias identidades clandestinas, entre ellas ‘el Abbé Pierre’, para pasar inadvertido por la Gestapo y por la policía del régimen de Vichy.  

La entrada de Henri Grouès en la Resistencia empieza cuando, el 18 de julio de 1942, dos judíos perseguidos llaman a su puerta. Al comprender poco a poco la envergadura y los horrores de la persecución de los judíos, decide actuar. Consigue hacerlos entrar de forma clandestina en Suiza gracias a la ayuda de una monja que les facilita documentos de identidad falsos. Progresivamente, monta varias operaciones de paso clandestino en los Alpes. Igualmente, crea un laboratorio de documentos de identidad falsos en su casa y sigue acogiendo a personas perseguidas. En 1943, organiza la huida a Suiza de Jacques de Gaulle, hermano del general de Gaulle, para escapar de la Gestapo. El Abbé Grouès lleva a cuestas su cuerpo tetrapléjico a través de la alambrada, con la complicidad de agentes aduaneros franceses.   

En febrero del mismo año, cuando se instaura por ley el Servicio de Trabajo Obligatorio (STO) en Alemania, el Abbé Grouès participa en la creación del maquis de Vercors para los jóvenes refractarios al STO.  Igualmente, en abril crea un boletín informativo dirigido a ellos. Se da cuenta de que necesita una secretaria y así es como conoce a Lucie Coutaz, quien se convertirá en su fiel colaboradora durante 39 años, lo acompañará en todas sus luchas y fundará junto a él Emaús. 

Es en esta época cuando Henri Grouès empieza a utilizar seudónimos para esconderse de la policía de Vichy y de la Gestapo. De los cuatro que va a utilizar, uno está destinado a perdurar: Abbé Pierre.  

A principios de 1944, el Abbé Pierre está en búsqueda y captura en Grenoble y Lyon. Prosigue su acción en París, donde también se le buscará enseguida. En el mes de mayo acompaña a un camarada resistente que acaba de escapar de la Gestapo a duras penas, para ayudarlo a cruzar la frontera hacia España. Cuando el Abbé Pierre se encuentra solo en una misión de reconocimiento en el País Vasco, lo detiene la Gestapo. Consigue huir y, puesto que su situación se había vuelto insostenible, los jefes locales de la Resistencia consiguen ayudarlo a cruzar a España. Acude a la embajada oficiosa de Francia Libre en Madrid y, desde allí, vuela a Argel para reunirse con el General De Gaulle, en mayo de 1944.